非洲象牙海岸發(fā)掘出了寫有符號(hào)的飛船碎片，發(fā)現(xiàn)碎片的相關(guān)科學(xué)家紛紛被謀殺這些碎片讓Mulder腦海中聽到無數(shù)聲音并同痛不欲生Scully發(fā)現(xiàn)碎片上的符號(hào)可能是人類的基因藍(lán)圖Mulder被關(guān)進(jìn)了精神病院Scully來到象牙海岸，看到半埋在沙灘中的飛船第1集 開端 The Beginning在電影FTF里出現(xiàn)的變種alien從一個(gè)基因技術(shù)研究公司的員工肚子里鉆出來逃跑了Mulder和Scully找到了Gibson，他帶Mulder 去找那個(gè)alienScully證明出Gibson可能是外星人（所有人類都可能是）X檔案現(xiàn)在由Spender和Fowley主管Gibson最后又不見了第2集 向前沖 Drive一個(gè)人駕車在公路上亡命奔馳，他必須不停地高速移動(dòng)來防止自己的腦子炸開

Mulder上了他的車子。

第3集 百慕達(dá)驚夢/TriangleMulder 在海上找到了二戰(zhàn)時(shí)期神秘失蹤的Queen Anne號(hào)郵輪，船上的時(shí)間還是1939年Scully和孤槍俠為找Mulder也登上了Queen Anne號(hào)，但船上的時(shí)間是當(dāng)前Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder對(duì) Scully說I love you第4集 夢境(上） DreamlandMulder和一個(gè)五十一區(qū)的黑衣人互換了身體，進(jìn)入到對(duì)方的生活中別人都不知道第5集 夢境(下) Dreamland II他們想辦法把身體又換了回來，誰也不記得發(fā)生了什么第6集 親密關(guān)系 Terms Of Endearment一個(gè)惡魔變成普通人模樣到處結(jié)婚試圖有一個(gè)正常的后代，他的現(xiàn)任妻子是個(gè)女惡魔，她一心想要有一個(gè)惡魔的后代第7集 雨王 The Rain King小鎮(zhèn)上的天氣預(yù)報(bào)員一直深愛著一名女子，她的情感經(jīng)歷波折豐富只是他們還不知道，他的情緒會(huì)影響當(dāng)?shù)氐奶鞖獾?集 圣誕幽魂 How The Ghosts Stole Christmas圣誕夜，Mulder拉著Scully來拜訪一棟鬧鬼的大房子

在房子里，一對(duì)幾百年前在此徇情的情侶讓他們經(jīng)歷了一次對(duì)彼此信任的考驗(yàn)。

第9集 心靈殺手 Tithonus一個(gè)從死神的名冊(cè)中被除去名字的攝影師，靠捕捉他人的死亡瞬間來尋求死神的重新眷顧最終他如愿以償，死神卻對(duì)Scully背過了身體第10集 S.R.819Skinner的身體被注入了納米機(jī)器人，他的生死全由Krycek一手掌握第11集 父與子(上) Two FathersSpender 的母親沒有死她意外成了第一例成功的人類/alien混種，也就是辛迪加與殖民alien協(xié)議研究的在殖民后為其充當(dāng)奴隸的人種同時(shí)，叛軍外星人的力量暫時(shí)占了上風(fēng)，他們滲入了辛迪加組織，意圖奪走spender的母親CSM要繼續(xù)保護(hù)和殖民方合作同時(shí)暗地研制疫苗的計(jì)劃，在對(duì)自己親手扶植的兒子 Spender失望之余，他找來Fowley幫忙第12集 父與子(下) One Son辛迪加抓到了 Spender的母親和MSMulder了解到如果殖民方alien知道混種研究已經(jīng)成功，殖民就會(huì)開始，而辛迪加故意拖延研究混種并一直隱瞞真相是為了贏得研制疫苗的時(shí)間意識(shí)到叛軍的力量已是無法阻止的，CSM等辛迪加決定把Spender的母親交給殖民方，讓殖民開始，以保存自己但叛軍先行一步，最終奪走的Spender的母親，燒死了除CSM外的所有辛迪加成員CSM殺死了自己的兒子Spender第13集 美麗新社區(qū) ArcadiaMulder和Scully偽裝成一對(duì)夫婦來到一個(gè)秩序井然的美麗社區(qū)調(diào)查居民失蹤案，發(fā)現(xiàn)一切是由懂遠(yuǎn)東意念術(shù)的人用泥土創(chuàng)造的幻人所為第14集 水怪 Agua Mala佛羅里達(dá)的暴風(fēng)雨把深海的一種生物帶到了小城的排水系統(tǒng)中這種只能在咸水中生存的生物能把人融解為水

5X15中的前X檔案探員請(qǐng)MS來幫助解決這個(gè)問題。

第15集 星期一 MondayMulder每天醒來都回到同一個(gè)星期一，經(jīng)歷同樣的事情卻毫不知情只有一個(gè)女子知道要逃離這無間地獄，必須改正一件錯(cuò)誤的事情第16集 變形犬 Alpha一名到中國尋找失落的王山犬的教授獲得了變身成動(dòng)物的能力，開始無法控制殺人的欲望第17集 穿墻人 Trevor一名囚犯在一場風(fēng)暴中意外獲得了身體穿越固體的能力他逃出了監(jiān)獄，想要找回自己的兒子第18集 愛情小說 Milagro暗戀Scully的小說家為了接近Scully，在小說中創(chuàng)作了完美的犯罪，小說中的殺手來到現(xiàn)實(shí)中執(zhí)行了這些罪行在了解到Scully心有所屬后，小說家不知如何結(jié)尾了，而小說中的殺手告訴他應(yīng)該殺死Scully第19集 難兄難弟 Three of A Kind孤槍俠Byers自從1990年后就一直在尋找的那名女子現(xiàn)身拉斯維加斯他們?yōu)樗軘[脫陰謀和追殺，請(qǐng)來了Scully幫忙第20集 快樂人生 The Unnatural5X15中的前X檔案探員有個(gè)雙胞胎兄弟，給Mulder講了一個(gè)發(fā)生在1947年的故事，有關(guān)alien、賞金殺手、棒球，還有單純的快樂第21集 田野之旅 Field Trip北卡羅來納州的布朗山附近長了一種蘑菇，通過釋放出的孢子讓人產(chǎn)生非常真實(shí)的幻覺，睡夢中的人卻作為這些蘑菇的營養(yǎng)慢慢被消化了第22集 創(chuàng)世紀(jì) Biogenesis